L'Arciconfraternita risale tradizionalmente al 1378 con il consenso del Papa Urbano VI. I membri erano gentiluomini di Corte addetti a mansioni di fiducia legate all'esercizio del potere papale. Ogni anno veniva eletto tra i Confratelli il Decano Generale che presiedeva al Governo della Confraternita. All’ inizio del XVI secolo il papa Paolo V ordinò che per l' avvenire "il Decano Generale si dovesse eleggere da qualunque Nazione”. Essendo composta da persone molto vicine al Santo Padre e appartenenti alla Corte Pontificia, la Confraternita ebbe molti privilegi e fu largamente protetta dai Papi. Nel 1603 l'Arciconfraternita incaricò il Caravaggio di dipingere un quadro della Sant’ Anna con la Vergine ed il Bambino. Oggi custodita nella Galleria Borghese e nota come Madonna dei Parafrenieri. Nel 1933 in seguito al Concordato la Chiesa di Sant’Anna divenne Parrocchia della Città del Vaticano. Papa Pio XI si preoccupò di dare una nuova sede all’Arciconfraternita nell’attuale Chiesa di Santa Caterina della Rota. Allo spirito di un tempo si è aggiunto dopo il Concilio Vaticano II il riconoscimento di Papa Paolo VI.